Letečtí dopravci, kteří létají se Suchoji SuperJet, si stěžují na malou provozní spolehlivost tohoto typu. Ta nyní dosahuje 50-60%, což je na úrovni roku 2012. Výrobce sliboval, že v roce 2016 dosáhne alespoň 75%. Zejména si stěžuje ruská společnost Gazpromavia, která má ve flotile 10 letadel tohoto typu ve verzi SSJ 100-95LR s prodlouženým doletem. Druhá výtka se vztahuje servisní podporu. Gazpromavia uvádí, že někdy čeká na dodání důležitých náhradních dílů déle než 3 měsíce, během nichž je letoun uzemněn. Provozní spolehlivost výrobci letadel příliš nezveřejňují, je totiž velmi těžké tento údaj při množství provozovatelů měřit. Z namátkově zveřejněných údajů je například spolehlivost Boeingů 737NG 99,4 % a obchodních Gulfstreamů G450/550 dokonce 99,8 %.