Dne 14.2.1975 založil švýcarský občan, Moritz Suter, malou leteckou společnost jménem Business Flyer Basel. Tato aerolinka se zprvu zabývala provozem aerotaxi s letadly typu Cessna a Piper z letiště Basilej. V dubnu 1979 obdržela aerolinka prozatimní koncesi pro komerční leteckou přepravu a zahájila lety pod názvem Crossair. Do flotily zařadila 4 americká letadla Swearinger Metro pro 19 cestujících a byly otevřeny linky z Basileje do německých měst Klagenfurt, Norimberk, dále pak do Lucemburku a rakouského Innsbrucku.
Crossair nadále rozvíjel svou síť regionálních linek a v roce 1984 se stal prvním provozovatelem nového typu švédské firmy Saab - modelu 340. Saab 340 se stal nepočetnějším letadel ve flotile Crossairu, celkem jich švýcarský dopravce provozoval 43. Později byly do flotily zařazeny také větší turbovrtulové Fokkery 50.
V roce 1988 zakoupil 40% akcií Crossair švýcarský národní letecký dopravce Swissar, který z Crossairu začal postupně budovat svou regionální odnož. Do flotily byly v roce 1990 zařazeny první proudové letouny, tři britské stroje typu British Aerospace BAe 146-200. O tři roky později již Swissair získal majoritní většinu 56% akcií a Crossair se stal jeho dceřinou společností.
Crossair inicioval na konci 80tých let u svého dvorního dodavatele, švédského Saabu, vývoj prodloužené verze typu 340 označené Saab 2000. První z těchto 50 místných letadel zařadil Crossair do flotily v polovině roku 1994. Ve své době se jednalo o nejrychlejší turbovrtulový dopravní letoun. Ve flotile Crossairu měl označení Concordino (volně přeloženo malý Concorde) a švýcarský dopravce jich nakonec převzal 34 z celkem 50 vyrobených.
V polovině 90tých let totiž začaly být extrémně populární regionální proudové letouny. Této vlny se chytil brazilský výrobce Embraer, který začal s vývojem 50místného typu ERJ-145. Tento malý proudový stroj byl levnější než kanadský konkurenční Canadair Regional Jet a zalíbil se i švýcarskému Crossairu, který jich objednal 50 kusů na úkor zvýšení objednávky Saabů 2000, pro které to znamenalo hřebíček do rakve.
Swissair do flotily Crossairu v roce 1995 převedl několik letadel McDonnell Douglas MD-80 ze své další dceřinné firmy, charterové aerolinky Balair a také některé své MD-81 přestavěné během revizí na standart MD-83. Tyto 156místné stroje se staly největšími letadly ve flotile Crossairu. Zajímavostí se stal stroj registrace HB-IUH, který Crossair zařadil do flotily v dubnu 1996. Letoun byl původně Swissairu v roce 1991. Letoun HB-IUH byl během revize v Shannonu nastříkán do reklamních barev McDonalds a opatřen logem cestovní kanceláře Hotelplan. Reklamní stroj byl používán především pro charterové lety, avšak během zimní sezóny ho Crossair nasazoval i na běžné linky, několikrát se objevil jako změna typu na lince Ženeva - Praha. Ovšem během chartetových letů byly letušky v uniformách McDonnalds a na palubě se servírovala pouze jídla pocházející z tohoto řetězce. Kromě hranolek, jelikož na palubě nemohla být z bezpečnostních důvodů fritéza. Reklamní smlouva skončila v březnu 2000 a HB-IUH byl opět nastříkán do barev Crossair.
Během druhé poloviny 90tých let byly zakoupeny britské čtyřmotorové letouny Avro RJ85 (4 letadla) a RJ100 (14 letadel), které dostaly ve flotile Crossairu označení Jumbolino (volně přeloženo malé Jumbo).
Již od roku 1998 vyvíjel Crossair tzv. koncept linek Eurocross. Cestující mohli s přestupem na hlavním letišti Crossairu Basileji dosáhnout během 1 dne většiny velkých evropských měst. V té době létal Crossair až 110 linek denně, doba přestupu v Basileji činila pouhých 30 minut.
Na počátku tisíciletí začal Crossair uvažovat o výměně letadel Avro RJ a volba padla opět na brazilský Embraer, konkrétně na typ E-170, kterého švýcarský dopravce objednal 50 kusů. Byl také prvním zákazníkem tohoto typu. Od poloviny roku 2000 začaly být dodávány nové ERJ-145, to už se ale čas Crossairu chýlil ke konci. V říjnu 2001 zkrachovala mateřská letecká společnost Swissair a dceřinná firma Crossair posloužila jako základ nové letecké společnosti Swiss International Air Lines, na kterou se převedla letadla i zaměstnanci původního Swissairu. Značka Crossair tak zanikla, ale ještě několik let bylo možné vidět po Evropě letadla v barvách Crossair, než byla všechna definitivně přemalována. Stroje Embraer 170 nebyly nakonec nikdy převzaty.
Saaby 340 (foto: Aero Icarus)
Fokker 50 (foto: ETH-Bibliothek Zürich)
Saab 2000 (foto: Keith Burton)
McDonnell Douglas MD-81 (foto: Ken Fielding)
Avro RJ100 (foto: Lewis Grant)
Embraer 145 (foto: Zone 49 Photography)